Formado en la cantera de Osasuna, debutó con este equipo en la Primera División de España la temporada 1985-86, 2 días antes de cumplir 20 años de edad. Tras casi 100 partidos y 20 goles con Osasuna durante 3 temporadas fue fichado por el Fútbol Club Barcelona al finalizar la temporada 1987-88. Su gran actuación durante esos 3 años, especialmente durante la campaña 1987-88, en la que Osasuna terminó el campeonato de Liga en quinta posición con un Goiko destacadísimo, le valieron su fichaje por un grande.

Sin embargo, el FC Barcelona le fichó como una apuesta de futuro, ya que cedió a Goikoetxea durante dos temporadas a la Real Sociedad como parte del pago al club txuriurdin del fichaje de José Mari Bakero, Txiki Begiristain y Luis María López Rekarte. Goiko fue un jugador fijo en las alineaciones realistas durante esas dos temporadas aunque no llegó a deslumbrar como en su etapa osasunista. Con la Real se clasificó para la Copa de la UEFA al finalizar la temporada 1989-90. 74 partidos de Liga y 10 goles jalonan su paso por la Real.

Repescado para el FC Barcelona al comienzo de la temporada 1990-91, Goikoetxea fue pieza básica del primer título de Liga del Dream Team. Aquel año fue designado en algunas votaciones como mejor jugador de la Liga gracias a sus internadas por las bandas. También fue llamado a debutar con la Selección de fútbol de España. Sus cuatro temporadas en el FC Barcelona estuvieron plagadas de títulos y éxitos. Jugó 126 partidos de Liga y marcó 6 goles con el Barça. Fue uno de los que jugó la histórica final de la Copa de Campeones de Europa 1991-92 ganada a la UC Sampdoria.

Al finalizar la temporada 1993-94 y habiendo perdido ya su condición de titular indiscutible, Goiko ficha por el Athletic Club. Durante 3 temporadas más rendirá a buen nivel en el equipo bilbaíno, siendo en su último año utilizado como jugador de reemplazo. Su paso por Bilbao se resume en 92 partidos de Liga.

En 1997, a punto de cumplir 32 años de edad se marcha a jugar al Yokohama F. Marinos de la J. League, donde coincidiría con su ex compañero Julio Salinas. Tras su aventura japonesa regresó al Club Atlético Osasuna, donde cerró su carrera en 1999 jugando en Segunda.

En enero de 2017 Jon Andoni es nombrado Director Deportivo del Osasuna,1? cargo al que accede al dejarlo vacante Petar Vasiljevi? y comenzar este último su andadura como entrenador del club rojillo.